Ngày 2.7.1955, Tutu kết hôn với Nomalizo Leah Shenxane, một giáo viên mà ông đã quen từ thời còn là sinh viên. Họ có bốn người con: Trevor Thamsanqa Tutu, Theresa Thandeka Tutu, Naomi Nontombi Tutu và Mpho Andrea Tutu, cả bốn đều học trường Waterford Kamhlaba ở Swaziland.[88]

Người con trai của ông, Trevor Tutu, gây ra vụ đe dọa đánh bom tại sân bay East London vào năm 1989 và đã bị bắt. Năm 1991, anh bị kết án vi phạm Luật Hàng không dân dụng vì tuyên bố dối trá là có một quả bom trên máy bay của hãng hàng không South African Airways ở sân bay East London.[89] Vụ đe dọa đánh bom này làm cho chuyến bay tới Johannesburg phải hoãn lại hơn 3 giờ, khiến cho hãng South African Airways tốn mất số tiền 28.000 rand Nam Phi. Vào thời điểm đó, Trevor Tutu công bố ý định kháng cáo bản án của mình, nhưng đã không có mặt ở phiên tòa phúc thẩm. Anh đã bị tịch thu số tiền thế chấp 15.000 rand Nam Phi.[89] Anh tới hạn bắt đầu chấp hành hình phạt của mình vào năm 1993, nhưng không đến trình diện với giới chức nhà tù, cuối cùng anh đã bị bắt ở Johannesburg trong tháng 8 năm 1997. Anh đã nộp đơn xin ân xá tại Truth and Reconciliation Commission (Ủy ban Sự thật và Hòa giải) và được chấp thuận năm 1997, sau đó được phóng thích khỏi nhà tù Goodwood ở Cape Town, nơi anh bắt đầu thụ án phạt giam 3 năm rưỡi sau khi một tòa án ở thành phố East London, Eastern Cape (đông nam Nam Phi) từ chối không cho anh nộp tiền thế chấp tại ngoại.[90]

Naomi Tutu học ở "Trường Ngoại giao và Thương mại quốc tế Patterson" thuộc Đại học Kentucky và theo chân cha làm nhà hoạt động nhân quyền. Naomi đã lập ra "Quỹ Phát triển và Trợ cấp Tutu" ở Nam Phi, có trụ sở ở Hartford, Connecticut. Hiện nay Naomi là người điều phối chương trình cho "Viện quan hệ chủng tộc" (Race Relations Institute) ở Đại học Fisk, tại Nashville, Tennessee.[91]

Mpho Tutu, cũng nối gót theo cha và năm 2004 đã được cha mình phong chức giáo sĩ giáo phái Episcopal.[92] Cô cũng là người sáng lập và làm giám đốc điều hành "Viện cầu nguyên và hành hương Tutu" (Tutu Institute for Prayer and Pilgrimage) đồng thời làm trưởng Ban "Liên minh AIDS toàn cầu" (Global AIDS Alliance).[93]

Năm 1997, Tutu bị chẩn đoán mắc bệnh Ung thư tuyến Tiền liệt và được chữa trị thành công ở Hoa Kỳ. Sau đó ông trở thành người đỡ đầu "Quỹ Ung thư tuyến Tiền liệt Nam Phi" (South African Prostate Cancer Foundation) được thành lập năm 2007.[94]

Từ sinh nhật thứ 79, Tutu thực hiện việc rút lui khỏi sinh hoạt xã hội công cộng từng giai đoạn, đầu tiên là chỉ có mặt mỗi tuần một ngày tại văn phòng của ông cho đến cuối tháng 2 năm 2011. Ngày 23 tháng 5 ở Shrewsbury Massachusetts, Tutu đã làm điều được cho là sự kiện công cộng lớn cuối cùng của ông ở bên ngoài Nam Phi. Tutu sẽ thi hành các cam kết của mình cho tới hết tháng 5 năm 2011 và sẽ không đưa ra thêm cam kết nào nữa.[95]